신라 효성왕 2년 원참조사가 이 절을 창건했다는 설과 경덕왕때 왕명으로 창건했다는 이야기가 전한다.
그뒤 진평왕 13년 혜림법사와 법화화상이 영산전을 건립하여 오백나한을 모시고 제대성중 기도도량, 영험있는 나한기도도량으로 유명해졌다.
현재 우리나라에 남아있는 고려시대의 목조건축물로는 13세기 초에 건립된 부석사 무량수전, 예산 수덕사 대웅전, 그리고 이곳 거조사 영산전, 봉정사 극락전 등 4곳 건물들 뿐이라는 점에서 역사적 문화적 가치가 크며, 현재 국보 제 14호로 지정되어있다.
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